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然后就到了主线部分，为何要拯救那3个部门的主管？也许你会说是为了开技能，开基地，但是不知道大家在进行这几个主线副本的时候有没有打开字幕，里面每个主管都有一段不短的介绍，自己为何会被围困等等。尤其是科技部的主管，他隐晦说了，净化者的背后有一个很大的阴谋，再通过几个echo和街头摄像头，详细了解净化者的话，就会发现他们和莱克斯帮有来往，但是和幸存者军队处于交战状态。大家有没有想过为什么？
救完3个主管，下面就会收到一系列第一批特工留下的一些情报，包括电子信息，包括有一位特工临死前留下的一些弹药，旁边写着需要什么就拿走吧，你会发现这一系列的情报（仔细看每个echo）都指向这次病毒爆发是人为的，并且他们已经明确的找到了病原体，但是突然之间死的死，缩的缩（放弃特工身份，在暗区度过余生），与总部失去全部联系。
剧情进行到警察局，我们主角一行人发现，竟然有叛变军队在这所警察局里面，他们意图将这里的所有信息抹除，好不容易得到的机房里的数据，竟然也被消除了，并且竟然有一个特工不知道通过什么方法抹除了自己在总部的数据，且绑架并刑讯逼供自己的3位同事。一开始刘菲不相信echo的信息，但是当这位叛变特工接到电话，电话那头催他快速结束这边的事情，枪声响起，3位同伴全部被杀，刘菲竟然支支吾吾起来，她是不是刻意隐瞒着什么！！并且当主角追问的时候，刘菲以先调查和对抗叛变军队为借口把话题转移了！！！
解决掉叛变特工之后，主角得到明确的信息，这20人当中有一组叫做贵族小队的几名特工，找到了病毒爆发原点，并且拿到了病原体，最后的消息是这个小队被莱克斯帮围堵在某个地点，并且发出求救信号。我们一行人通过一系列的寻人支线，慢慢了解了一些尚不清楚的信息；那就是这个小队不但被莱克斯帮围困，竟然还被叛变特工已经幸存者军队追截。莱克斯帮可以理解，但是为什么军队和特工也要追杀他们呢？很简单，拿到病原体的这个小队，无疑发现了整个事件的黑幕，这个黑幕牵涉到了现政府已经俄国政府，已经我们国土安全部的某位高层，所以当小队发出求救信号的时候，信号突然就中断了，明显是总部有人希望他们死在里面。
然后当我们一行人在暗区外围收集到幸存者军队的某位中尉的几个电话录音之后，整个事件的黑幕已然跃然于纸上了，他们军队收到纽约高层的指令，来保护某位VIP，在某个节点会有详细的撤离方案和行动，结果这个大兵绝望的在录音里说，我再也见不到外面的世界了，他们被欺骗了！！再通过几个电话录音已经echo不难推算出来这个vip就是俄国大使馆里面那个病毒专家！！这也是为何我们发现这些军队不但没有执行保护他的任务（这个专家怕的要死不敢打开掩体大门，肯定心里有鬼）还想尽办法要杀他。整个军队完全叛变，接管曼哈顿部分城区，开始建立自己的秩序。
再说那个贵族小队，简直壮烈，队友为了保护他，壮烈牺牲，他逃了出来，本来他有机会逃出生天，拿到病原体和内幕的他当时到底是怎么想的？万念俱灰？还是怒火攻心？，在那个寻人任务里面，他明显去复仇了，最后面对外面几十个军队围攻，把冲进来的全部干掉，自己也快不行了，echo提到最后有一个女人的声音给他注射了肾上腺素，限时心跳多少多少，就戛然而止了，他手上有病原体已经事件黑幕，他到底有没有死？这个我们可以通过幸存者军队区域的几个电话录音从侧面知道一些信息，有一个人的录音里说，要想在这个地方活下去，必须要有力量！什么事力量，幸存者军队，十有八九，最后他没有死，并且跟幸存者军队联手了，因为首先这个军队里面有他的两位原先叛变的同事，其次这么大的军队叛变，竟然政府没有出手，只是派几个特工去探路，明显他们手里拿到了一些能够威胁到政府的信息，也就是病毒爆发原点的黑幕。
再说到3大势力之间的问题，首先可以明确的说，莱克斯邦和净化者是和幸存者军队处于开战状态，各位在游戏里逛一逛就知道，军队在这两片区域都在和这两个势力交战，为何我们看到莱克斯帮和净化者交战的场面却那么少呢？还有，以装备情况来讲，一个混混集团，一个喷火集团，竟然能跟军队对抗而不落下风，有问题吧？从一些信息里面基本可以得知，净化者控制了大部分室内的化工厂和能源设备，地铁等，莱克斯邦控制了室内大部分警察局，并且得到了部分国民卫队的装备库。
通过和刘菲的对话，以及基地的对话，可以知道，当初政府的联合部队有过一次大溃败，在特工的帮助下好不容易稳住阵脚，但是丢失了大部分先进设备，这部分区域现在被称为暗区，不但暗区没有控制住，竟然还基本被逼出了整个曼哈顿区，大部分联合军队都撤离了，少量志愿者留下撑局面，万分危机之中主角一行人（第二批特工，且明显跟第一批不太一样，具体什么地方不一样呢？那就是这批特工不是第一时间激活的，且对政府十分忠诚，看我们主角一行人和刘菲及联合军队那种其乐融融的景象不觉得很违。
最先，DZ5地区的金色国土战略局装备材料分别在哪里？从游戏玩法的大约讲起。小故事产生在黑色星期五，一类型天花病毒Green Poison(下称G病毒)在纽约曼哈顿暴发，全部纽约市深陷偏瘫，大家做为第二批全域特务，派出来处理此次困境。
那麼生产制造G病毒并蔓延的凶手呢?凶犯便是戈登·阿默斯特(下称戈登)和病毒学家维大力·契尔年科(以下简称维大力)。这2人一起科学研究开发设计了G病毒并使其在纽约蔓延。
证实她们2是罪魁祸首的直接证据许多。最先，天花病毒早已绝种，G病毒也是天花病毒的人力变异，因此G病毒的开发商必须能触碰到天花病毒，从维大力的音频材料中可以了解现如今全球仅剩的天花病毒被储存在国外疾管理局和西西伯利亚的我国病毒感染暨生物科技学核心，维大力在后者工作中，戈登也曾到后者做了一年互换科学研究。因此2人全是能触碰到天花病毒的人。
有些人会问为何清除疾管理局泄漏天花病毒的很有可能，这一点可以从倒戈特务亚伦·基纳(下称亚伦)的音频6中获知，亚伦并沒有接到一切有关疾管理局遭偷盗或是毁坏的信息，反倒2个都曾在生物科技学中心工作过的人们在黑色星期五时都在纽约。
尽管G病毒维大力和戈登科学研究并散布，可是2人的立足点根本不一样。戈登是个性格内向的人，他的观念较为极端化，觉得高新科技危害了地球上，他要开发设计一种病毒感染加速当然的取代规律，这种可以从病毒感染进展汇报5看出出去;维大力立足点是为了更好地知名，他想开发设计一种每个人畏惧的病毒感染，并且仅有他把握处理的方法，这种信息内容可以从维大力的音频中得到。在音频中维大力在丧尸病毒期要想开展过演说汇报，而且有心将事情罪魁祸首推给戈登，也是明确提出要参加G病毒科学研究和处理对策。
最开始感柒的是一对情侣乔尔和凡妮莎(这是以生存者日纪录音中提及的一对情侣，女性感柒G病毒最后去世)，感柒媒体便是美金。为什么是美元呢?这儿还要提一下暗冬方案。
英国著名的「暗冬行动(Operation Dark Winter)」与「51号法令(Directive 51)」，英国在2001年一次称作「灰黑色严冬」的演练，具体仿真模拟当病毒感染产生规模性时兴的具体結果，确认英国一旦产生相近困境，五天内从人民、交通出行、电力工程、民生工程，到美国的经济与纪律将全方位垮台。当大家被挨饿与崩溃侵吞，大家可能为了更好地存活不惜一切。到最终，每个人将变成潜在性风险，等於宣布英国将加入內部动乱阶段。
「灰黑色严冬」的演练，确认英国的兴盛只不过创建在一个巨大、繁杂、无法操控又软弱的机制上，就好像用扑克牌创建的高塔般，一旦抽出来在其中一张牌，一切可能全方位崩落。为了更好地防范未然，英国在2007年密秘根据一项被称作「51 号法令」的命令，这法令包含美政府在预防「灰黑色严冬」相近事情产生时，将怎么看待的对策，传闻政府部门从秘密基地、机关单位，到埋伏的间谍警探都干了全方面的分配
在游戏里面催毁英国这一经济大国的便是美金。公共秩序坍塌了，51号法令运行。什么叫51号法令?便是在社会体制崩坏三，全部系统软件没法运行的情形下，本来埋伏于群体中的特务将出去处理这种问题，她们有着全部权利，可以指引一切国防企业包含本人，隶属特朗普总统管理方法。
51号法令如今共运行了2批特务，我们都是第二批，如今来揭密第一批特务趋势。第一批特务结果分成3种:阵亡，便是在行动全过程中被敌军残害;倒戈，在无纪律的社会发展，一部分特务挑选倒戈，实行她们自觉得的公正;隐匿，剩余的特务为了防止被倒戈特务的摧残和对政府的死了心，挑选藏匿于阴影。
第一批特务为什么会倒戈和隐匿，这一切的根本原因就在阴影。暗区是G病毒最开始逐渐暴发的地区，第一批特务也是被派到阴影查清事儿实情的，可是G病毒蔓延真是太快，并且欠缺合理的操纵方式，因此英国政府挑选创建院墙，把丧尸病毒地区围住，包含里边的事情与人，这就是目前的阴影。在暗区的每个人全是被政府部门抛下的，她们在里面自寻烦恼，无法得到政府部门一点支援。这就是促进一部分第一批特务倒戈的缘故(可以从检测材料第二部电影的会话中了解)。
游戏里面大家会发觉20名下落不明特务，这儿的下落不明意思是活不见人，死看不到尸，只要是能寻找遗体的都算不上下落不明。失踪特务里有一名字叫做亚伦·基纳的便是倒戈特务的领导者。
亚伦·基纳，编号大黄峰，从一部分ECHO影象中能够看见亚伦的成长经历。亚伦刚开始也是一名敬业的特务，在维护一群阴影群众的情况下，亚伦请求支援撤离，可是总公司拒绝了他的要求。之后亚伦杀掉了一群用挖机吊起来协同作战军队战士的赖克帮众，可是他却任凭那一个战士自寻烦恼。再到之后他处死了一名立在丧失观念女人旁的男人，到最终处死了被生存者军队俘获的特务。亚伦从对政府的心寒到最终逐渐实行他自觉得的公正。
